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Fenton-Derived OH Radicals Enable the MPnS Enzyme to Convert 2‐Hydroxyethylphosphonate to Methylphosphonate: Insights from Ab Initio QM/MM MD Simulations

Binju Wang,*,† Zexing Cao,† Carme Rovira,‡,§ Jinshuai Song,∥ and Sason Shaik*,⊥ †State Key Laboratory of Physical Chemistry of Solid Surfaces and Fujian Provincial Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, College of Chemistry and Chemical Engineering, Xiamen University, Xiamen 360015, P. R. China  ‡DepartamentdeQuímicaInorgaǹicaiOrgaǹica&IQTCUB,UniversitatdeBarcelona,MartíiFranques̀1,08028Barcelona,Spain  §InstitucióCatalanadeRecercaiEstudisAvanca̧ts(ICREA),PasseigLluísCompanys,23,08020Barcelona,Spain ∥College of Chemistry and Molecular Engineering, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, P. R. China ⊥Institute of Chemistry, The Hebrew University of Jerusalem, 9190407 Jerusalem, Israel J. Am. Chem. Soc.2019141239284-9291 Publication Date:May 27, 2019 https://doi.org/10.1021/jacs.9b02659 Copyright © 2019 American Chemical Society リン酸アルコールを脱炭酸する酵素の反応機構を計算化学的に考察した論文です。鉄二価中心に、アルコールが配位した後、鉄(III)スーパーオキシドアニオンが生成し、アルコールのα位の水素を引き抜くことで反応が進行します。そこから...

Theoretical Study of the Oxidation of Methane to Methanol by the [CuIICuII(μ-O)2CuIII(7-N-Etppz)]1+ Complex

Yan Fang Liu *   The Key Laboratory of Biobased Materials, The Qingdao Key Lab of Solar Energy Utilization and Energy Storage Technology, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology ,  Chinese Academy of Sciences ,  Qingdao ,  Shandong   266101 ,  People’s Republic of China Likai Du *   Hubei Key Laboratory of Agricultural Bioinformatics, College of Informatics ,  Huazhong Agricultural University ,  Wuhan ,  430070 ,  People’s Republic of China The reactivity patterns of a series of trivalent copper complexes have been studied to gain a better understanding of the chemical reactions occurring at the active site of particulate methane monooxygenase (pMMO). In this study, hybrid density functional theory is used to study the oxidation of methane to methanol mediated by the [Cu II Cu II (μ-O) 2 Cu III (7- N -Etppz)] 1+  complex. Reaction mechanisms in different spin states were explored. Based ...

Methane Partial Oxidation over [Cu2(μ-O)]2+ and [Cu3(μ-O)3] 2+ Active Species in Large-Pore Zeolites

M. Haris Mahyuddin,†,§ Takahiro Tanaka,† Yoshihito Shiota,† Aleksandar Staykov,‡ and Kazunari Yoshizawa* http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.7b03389 ACS cat.から、吉澤先生の計算の論文です。 メタンを酸化するCu-MORやCu-MAZの活性場について、DFT計算を用いて検討されています。計算ではゼオライトのあるAl-Si-Si-Al上で見積もった[Cu2(µ-O)]がメタンを切るのに十分活性があると述べています。 他メタノールの脱着における水の寄与など計算されています。 イントロのリファレンスとかに使えるかもしれません。

Catalytic Performance of a Dicopper−Oxo Complex for Methane Hydroxylation

Yuta Hori,† Yoshihito Shiota,*,† Tomokazu Tsuji,‡ Masahito Kodera,‡ and Kazunari Yoshizawa*,† † Institute for Materials Chemistry and Engineering and IRCCS, Kyushu University, Fukuoka 819-0395, Japan ‡ Department of Molecular Chemistry and Biochemistry, Doshisha University, Kyotanabe, Kyoto 610-0321, Japan http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.inorgchem.7b02563 DOI: 10.1021/acs.inorgchem.7b02563 Inorg. Chem. 2018, 57, 8−11 小寺先生と吉澤先生の論文です。 ベンゼンの水酸化で用いた銅の二核錯体を基に、DFT計算からメタンの酸化について検討されています。

A New Mechanism for Ethanol Oxidation Mediated by Cytochrome P450 2E1: Bulk Polarity of the Active Site Makes a Difference

Yong Wang, Chuanlu Yang  Prof., Hongming Wang Dr., Keli Han  Prof., Sason Shaik Prof. First published: 12 January 2007Full publication history DOI: 10.1002/cbic.200600510 Abstract original image Breaking the habit. A new mechanism, called reversed dual hydrogen abstraction (R-DHA), is presented for ethanol oxidation by cytochrome P450 2E1 (CYP2E1). It is shown that the competition of R-DHA with the consensus mechanism (gem-diol) is modulated by the ethanol population in the enzyme pocket. Thus, as a response to growing blood ethanol level, CYP2E1 adapts its ethanol metabolism by a mechanistic switch from gem-diol to R-DHA. イスラエル、Shaik グループの、アルコールの酸化メカニズムについての計算の論文です。体内でエタノールを代謝する主な酵素はアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)ですが、この酵素だけでは、体がアルコール耐性を獲得することを説明できないとして、P450もアルコールの酸化を行っているとする学説があるそうです。 そこでShaikらは、エタノールの酸化メカニズムについての検討を行いました。 アルコールの酸化メカニズムは幾つか考えられますが、現在鉄オキソ系で、もっとも支持されているものは、α位の水素引き抜きと、続いて進行するヒドロキシラジカルのリバウンドメカニズムです。ここでは不安定なジェミナルジオールが生成するため、速やかに脱水が進行してアルデヒドを与えます。 かれら...