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投稿者: Yuma Morimoto

Article

Geometric and Electronic Structure of the Mn(IV)Fe(III) Cofactor in Class Ic Ribonucleotide Reductase: Correlation to the Class Ia Binuclear Non-Heme Iron Enzyme

† Department of Chemistry, Stanford University, Stanford, California 94305, United States
‡Departments of Biochemistry and Molecular Biology and §Chemistry, The Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania 16802, United States
 Research Reactor Institute, Kyoto University, Kumatori-Cho, Osaka, 590-0494, Japan
 Spring 8/JASRI, Sayo-gun, Hyogo, 679-5198, Japan
# Advanced Photon Source, Argonne National Laboratory, Lemont, Illinois 60439, United States
J. Am. Chem. Soc., Article ASAP
DOI: 10.1021/ja409510d
Publication Date (Web): October 16, 2013
Copyright © 2013 American Chemical Society

Abstract

Abstract Image
The class Ic ribonucleotide reductase (RNR) from Chlamydia trachomatis (Ct) utilizes a Mn/Fe heterobinuclear cofactor, rather than the Fe/Fe cofactor found in the β (R2) subunit of the class Ia enzymes, to react with O2. This reaction produces a stable MnIVFeIII cofactor that initiates a radical, which transfers to the adjacent α (R1) subunit and reacts with the substrate. We have studied the MnIVFeIII cofactor using nuclear resonance vibrational spectroscopy (NRVS) and absorption (Abs)/circular dichroism (CD)/magnetic CD (MCD)/variable temperature, variable field (VTVH) MCD spectroscopies to obtain detailed insight into its geometric/electronic structure and to correlate structure with reactivity; NRVS focuses on the FeIII, whereas MCD reflects the spin-allowed transitions mostly on the MnIV. We have evaluated 18 systematically varied structures. Comparison of the simulated NRVS spectra to the experimental data shows that the cofactor has one carboxylate bridge, with MnIV at the site proximal to Phe127. Abs/CD/MCD/VTVH MCD data exhibit 12 transitions that are assigned as d–d and oxo and OH– to metal charge-transfer (CT) transitions. Assignments are based on MCD/Abs intensity ratios, transition energies, polarizations, and derivative-shaped pseudo-A term CT transitions. Correlating these results with TD-DFT calculations defines the MnIVFeIII cofactor as having a μ-oxo, μ-hydroxo core and a terminal hydroxo ligand on the MnIV. From DFT calculations, the MnIV at site 1 is necessary to tune the redox potential to a value similar to that of the tyrosine radical in class Ia RNR, and the OH– terminal ligand on this MnIV provides a high proton affinity that could gate radical translocation to the α (R1) subunit.

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